El Gobierno del Mariscal Antonio José de Sucre los años  1826 y 1827, creó el Colegio de Ciencias, que contemplaba estudios de Medicina, intento que  no se logró materializar.

El 5 de noviembre de 1832, por Decreto Ley, durante el Gobierno del Presidente Mariscal Andrés de Santa Cruz, se fundó la Universidad Mayor de San Simón en Cochabamba, siendo su primer Cancelario don Julián María López.

El Gobierno del General José Ballivián, por Decreto Ley del 25 de agosto de 1845 creó las Facultades de Medicina y Cirugía de Cochabamba, La Paz y Sucre; hasta el Gobierno del presidente Gregorio Pacheco que por Resolución Suprema del 11 de febrero de 1857 dispone que las Facultades de Derecho y Medicina funcionen conjuntamente en el local del Colegio Sucre de Cochabamba.

La documentación existente en la UMSS demuestra que Cochabamba contaba con una Facultad de Medicina desde 1863 a 1889,  en el Gobierno del General José María Achá que oficialmente por Ley del 12 de septiembre de 1863 se ratifica el funcionamiento de la Facultad de Medicina de Cochabamba,  hasta el  Gobierno de Don Severo Fernández Alonso (1896 – 1899); tres décadas en que surgieron los primeros galenos de esta tierra.

En julio de 1868 el Presidente General Mariano Melgarejo, refrendó el funcionamiento de la Facultad de Medicina y Cirugía, actividades que se desarrollaron hasta 1872. En este periodo el Gral. Melgarejo obsequió, un ejemplar de clásicos de estudio y un esqueleto traídos de Europa, a las tres Facultades de Medicina de la Paz, Sucre y Cochabamba, pudiendo considerarse éste acto como el más avanzado que registran los anales de la instrucción médica hasta entonces.

El 17 de enero de 1873 el presidente Tomás Frías, aduce falta de recursos económicos, disponiendo la centralización de las Facultades de Medicina en la ciudad de La Paz. En 1874, el Presidente Adolfo Ballivián restableció el funcionamiento de éstas Facultades en Sucre y Cochabamba.

El año de 1889 la Facultad de Medicina entró en receso, se desconocen las causas.

En 1892 por disposición del presidente Aniceto Arce y su Ministro de Instrucción Don Genaro Sanjinés determina la reanudación de sus actividades.

Desde el año 1899 la Facultad de Medicina de Cochabamba, entró en receso por el lapso de  33 años, hasta 1932; año en que el Gobierno de Daniel Salamanca consolida el funcionamiento de la Facultad de Medicina de Cochabamba.

Esta Facultad emprende actividades ininterrumpidas con excepciones en las intervenciones  durante el Gobierno del Coronel Hugo Banzer Suárez en los años 70 y en el Gobierno del General Luís García Mesa Tejada en 1980.

Se debe mencionar que en 1978 se realizó en Cochabamba la I Reunión Sectorial de Facultades de Ciencias de la Salud y en Julio de 1979  en Sucre la II Sectorial,  donde la Facultad de Medicina de la UMSS propone  un  «Curriculum Innovador»,  recomendándose su aplicación en Cochabamba, y  su estudio para posterior aplicación en Sucre y La Paz. Se emite un documento en el que muestra la pertinencia del nuevo plan curricular.

Reconquistada la Autonomía Universitaria en Mayo de 1982, la Facultad de Ciencias de la Salud de Cochabamba, se disgrega en tres Facultades: Medicina, Odontología y Bioquímica y Farmacia.

Por tanto, desde este periodo, la Facultad de Medicina desarrolla sus procesos de gestión académica, interacción social, de investigación e institucional, haciendo énfasis en el programa de formación médica.

Sin embargo, a partir del año 2003 la Facultad ha incorporado en la formación académica los programas de fisioterapia y de nutrición, a nivel técnico y de licenciatura, que a principios de 2017se convierten en Carrera ambos programas.

Entonces, ésta Facultad siempre estuvo en constantes mejoras en todas las áreas académicas. Logró muchas promociones relevantes de profesionales médicos y médicas y desde el año 2003 se forman también profesionales en el área de Nutrición y Dietética y de Fisioterapia y Kinesiología.